О.о.в.о. могут быть отнесены к О.о.в.о. федерального, территориального (регионального) и местного значения. О.о.в.о. может являться отдельной либо быть частью особо охраняемой природной территории, определенной законодательством РФ.
Правительством РФ и органами исполнительной власти субъектов РФ могут быть установлены следующие категории О.о.в.о.: участки внутренних морских вод и территориального моря РФ; водно-болотные угодья; водотоки и водоемы, отнесенные к уникальным природным ландшафтам; зоны охраны истока или устья водных объектов; места нереста ценных видов рыб; иные категории водных объектов, рассматриваемых в неразрывной связи с лесами, животным миром и др. природными ресурсами, подлежащими особой охране. Законодательством РФ могут быть предусмотрены иные категории О.о.в.о.
О.о.в.о., находящиеся в федеральной собственности и являющиеся частью уникального природного комплекса, могут использоваться и охраняться в соответствии с федеральным законом. Охрана и использование О.о.в.о. осуществляются в соответствии с законодательством РФ об особо охраняемых природных территориях.
В соответствии со ст. 119 ВК РФ О.о.в.о. международного значения (трансграничные /пограничные/ водные объекты, участки внутренних морских вод и территориального моря РФ, водно-болотные угодья) определяются в порядке, устанавливаемом Правительством РФ в соответствии с международными договорами РФ и федеральным законодательством. Режим использования и охраны О.о.в.о. международного значения определяется международными договорами РФ и законодательством РФ.