Доброе время суток. На имущество, приобретенное на средства материнского капитала, супруг в любом случае имеет право (материнский капитал называется семейным капиталом). Тут вопрос в том, на какую долю у него права. В вашем случае целесообразнее оформить квартиру в долях, соответствующих реально вложенным средствам. Кроме того, имеете право заключить брачный договор, в котором оговорить все права на недвижимое имущество в случае развода.