В соответсвии со ст. 245 ТК РФ работодатель может заключить с работниками договор о возмещение ущерба в полном размере, может вводиться коллективная материальная ответственность. Исходя из ст. 246 ТК РФ размер ущерба исчисляется исходя из рыночных цен, действующих на день причинения ущерба, но не ниже стоимости имущества по данным бухгалтерсокго учета.  То есть, взимать недостачу можно по себестоимости, если у вас заключен договор о материальной ответственности.