Уважаемый Василий! Не совсем понятны основания, по которым Ваша компания должна быть зарегистрирована в Санкт-Петербурге, полностью работая в Калининграде. Мало того, что это было бы элементарно неудобно для взаимодействия со всеми «обязательными» организациями: налоговыми, фондами и т.д., так Вам еще и придется заплатить штраф в размере 5000 рублей, потому что место нахождения Вашей организации не будет совпадать с адресом, который был указан в ЕГРЮЛ во время регистрации. А выяснится это довольно быстро. К тому же Вас обяжут привести все в соответствие. В любом случае, советую Вам перерегистрировать ООО в связи со сменой его местонахождения. Так будет гораздо выгоднее для Вас с любой точки зрения.