Здравствуйте, Виктория! Для начала, думаю, необходимо прояснить – действительно ли Ваш оппонент является физическим лицом? Может быть, он зарегистрирован как ИП? Указание на арбитражный суд может также содержаться в результате ошибки, просто если при заключении использовалась типовая форма договора. В зависимости от этого и будет решаться вопрос о подсудности дела суду общей юрисдикции, либо арбитражному. Соответственно, если ответчик, все-таки, физическое лицо, то подавать в арбитраж Вам не имеет смысла – иск вернут.  

Объединить требования по нескольким договорам Вы можете на основании ст. 151 ГПК РФ. В соответствии с ней, если исковые требования взаимосвязаны, то вполне логично указывать их в одном иске, кроме исключительных случаев, а также признания судом раздельного рассмотрения требований целесообразным. Если в деле участвуют одни и те же лица, то требования также могут рассматриваться как в совместном иске, так и с выделением, по решению судьи, одного или нескольких исков в отдельное производство. В целом, решение вопроса об объединении или разделении исков имеет своей целью справедливое и своевременное разрешение дела. Для рассмотрения в одном деле иски должны характеризоваться однородностью и участием одних и тех же сторон (или одной стороны – истца или ответчика по нескольким делам). Данному требованию Ваш случай вполне соответствует.

Подавать заявление нужно будет по месту регистрации компании-должника.

Если, вдруг, все же, окажется, что ответчик является юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем, то исковое заявление Вам необходимо будет подавать в арбитражный суд. Кстати, в арбитражном производстве объединение исковых требований также возможно, только регулируется оно ст. 130 АПК РФ. Суть ее, в целом, аналогична ст. 151 ГПК РФ. Всего Вам хорошего!