В С.т.з. и на свободном складе допускается совершение производственных и иных коммерческих операций с товарами, исключая их розничную продажу, при условии соблюдения положений ТК РФ. Для обеспечения соблюдения законодательства РФ и исходя из характера товаров на осуществление операций с товарами в С.т.з. и на свободном складе могут устанавливаться отдельные запреты и ограничения. Таможенные органы РФ могут запрещать отдельным лицам осуществление операций с товарами в С.т.з. и на свободном складе, если они не соблюдают положения ТК РФ и иных актов законодательства РФ, либо отказывать таким лицам в доступе в С.т.з. и на свободный склад. Правительство РФ и ГТК РФ в пределах своей компетенции вправе ограничивать или запрещать ввоз отдельных категорий товаров в С.т.з. либо помещение их на свободный склад.
Товары могут находиться в С.т.з. без ограничения сроков. Возведение зданий, строений и сооружений в С.т.з. допускается по согласованию с таможенным органом РФ. Лица, осуществляющие операции с товарами в С.т.з., и владельцы свободных складов ведут учет ввозимых, вывозимых, хранящихся, изготавливаемых, перерабатываемых, приобретаемых и реализуемых товаров и представляют таможенным органам РФ отчетность об этих товарах. Любые изменения, происходящие с товарами в пределах С.т.з. и свободного склада, должны отражаться в учетных документах. При ввозе иностранных и российских товаров в С.т.з. или помещении их на свободный склад таможенные пошлины, налоги не взимаются и меры экономической политики не применяются. При ввозе товаров с территории С.т.з. и со свободного склада на остальную часть таможенной территории РФ и при вывозе товаров за пределы РФ таможенные пошлины, налоги взимаются и меры экономической политики применяются в зависимости от происхождения товаров.