После упразднения главного магистрата, мануфактур- и берг-коллегий их дела были переданы К.-к. (1731 г.). Это повлекло изменения в структуре К.-к., которая была разделена на 3 экспедиции: в 1-й сосредоточивались дела по коммерции, во 2-й - по горному делу, в 3-й - по фабрикам и мануфактурам. В 1736 г. горное дело было передано учрежденному генерал-берг-директориуму. Указом от 7.04.1742 г. берг- и мануфактур-коллегия восстановлены; в 1743 г. восстановлен и главный магистрат. Таким образом, в ведомстве К.-к. вновь оказались лишь дела, связанные с коммерцией (т.е. 1-я экспедиция).
С учреждением должности министра коммерции К.-к. была подчинена ему и разделена на 4 экспедиции: внешней, внутренней торговли, коммуникации и таможенной. С образованием министерств в 1810 г. должность министра коммерции была упразднена, а К.-к. подчинена министру финансов. Дела по внешней торговле и таможенные переданы в ведомство министерства финансов, а дела по внутренней торговле и коммуникации — в ведомство министерства внутренних дел.
Для окончания нерешенных судебных дел и ревизии счетов по таможенной части в 1811 г. был учрежден временный департамент К.-к. в ведомстве директора департамента внешней торговли министерства финансов. С учреждением судного отделения департамента внешней торговли временный департамент К.-к. закрыт указом от 27.12.1823 г.; с этого времени К.-к. считается прекратившей существование.