В А.р. заключали бродяг, лиц, приговоренных к ссылке за незначительные преступления, и лиц привилегированных сословий за серьезные преступления (до 1842 г.). Срок содержания вначале определялся только для бродяг, остальные считались заключенными бессрочно (однако они через 10 лет переводились в разряд срочных на 5 лет, затем трудоспособные — в военно-рабочие роты, нетрудоспособные - на 10 лет, а затем получали свободу).
В 1845 г. было принято общее положение об А.р. гражданского ведомства, согласно которому упразднялся военный режим и вводилось срочное содержание. А.р. гражданского ведомства до 1863 г. были подчинены главному управлению путей сообщения и публичных зданий, с 1864 г. - переданы в ведение губернаторов. Законом от 31.03.1870 г. они переименованы в исправительные арестантские отделения гражданского ведомства, наружные работы были заменены работами внутри здания тюрьмы.
В соответствии с Законом от 23.11.1853 г. вместо заключения в А.р. стали применять в виде временной меры «ссылку в Сибирь для водворения» (А.р. в этот период были значительно переполнены).
Законом от 16.05.1867 г. А.р. инженерного ведомства заменены военно-исправительными ротами.