Согласно ст. 461 ФЗ «О прокуратуре Российской Федерации» структуру Г.в.п. составляют управления, отделы (самостоятельные и в составе управлений), канцелярия и приемная. Начальники управлений и самостоятельных отделов являются старшими помощниками, а их заместители, начальники отделов в составе управлений, канцелярии и приемной - помощниками Главного военного прокурора. Положения о структурных подразделениях Г.в.п. утверждаются Главным военным прокурором.
В управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также старших следователей по особо важным делам и следователей по особо важным делам.
В Г.в.п. образуется коллегия в составе Главного военного прокурора (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), др. прокурорских работников, назначаемых Главным военным прокурором. Персональный состав коллегии утверждается Генеральным прокурором РФ по представлению Главного военного прокурора.