Систему органов В.п. составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, ФПС РФ, Московская городская военная прокуратура и др. В.п., приравненные к прокуратурам субъектов РФ, В.п. объединений, соединений, гарнизонов и др. В.п., приравненные к прокуратурам городов и районов.
В В.п., приравненных к прокуратурам городов и районов, по решению Главного военного прокурора могут создаваться прокурорские, прокурорско-следственные и следственные участки.
В местностях, где в силу исключительных обстоятельств не действуют иные органы прокуратуры РФ, а также за пределами РФ, где в соответствии с международными договорами находятся войска РФ, осуществление функций прокуратуры может быть возложено Генеральным прокурором РФ на органы В.п.
Образование, реорганизация и ликвидация органов В.п., определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором РФ, приказы которого по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил РФ, командования ФПС РФ, др. войск, воинских формирований и органов. Иные организационно-штатные вопросы решаются Главным военным прокурором совместно с Генеральным штабом Вооруженных Сил РФ, командованием ФПС РФ, др. войск, воинских формирований и органов в пределах установленной штатной численности.
Органы В.п. возглавляет заместитель Генерального прокурора РФ - Главный военный прокурор, который руководит деятельностью органов В.п., обеспечивает подбор, расстановку и воспитание кадров, проводит аттестацию военных прокуроров и следователей, издает приказы и указания, обязательные для исполнения всеми В.п.