К.н.п. проводится уполномоченными должностными лицами налогового органа в соответствии с их служебными обязанностями без какого-либо специального решения руководителя налогового органа в течение 3-х месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации и документов, служащих основанием для исчисления и уплаты налога, если законодательством о налогах и сборах не предусмотрены иные сроки. Если проверкой выявлены ошибки в заполнении документов или противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, то об этом сообщается налогоплательщику с требованием внести соответствующие исправления в установленный срок.
При проведении К.н.п. налоговый орган вправе истребовать у налогоплательщика дополнительные сведения, получить объяснения и документы, подтверждающие правильность исчисления и своевременность уплаты налогов. На суммы доплат по налогам, выявленные по результатам такой проверки, налоговый орган направляет требование об уплате соответствующей суммы налога и пени. См. также Выездная налоговая проверка.