Для непосредственного управления К.о. в соответствии с решением Правительства РФ создается оперативный штаб, возглавляемый представителем ФСБ РФ или МВД РФ в зависимости от того, компетенция какого федерального органа исполнительной власти будет преобладающей в проведении конкретной К.о. В субъектах РФ и регионах могут создаваться оперативные штабы, количество и состав которых зависят от специфики местных условий и характера возможных террористических акций на территориях субъектов (регионов) РФ. Оперативный штаб по управлению К.о. в субъекте (регионе) РФ возглавляет руководитель территориального органа (подразделения) того ведомства, компетенция которого будет преобладающей в проведении конкретной К.о. В случае изменения характера террористической акции руководитель К.о. может быть заменен в соответствии с решением председателя соответствующей межведомственной антитеррористической комиссии.
Для проведения К.о. оперативный штаб по управлению Ко. имеет право привлекать необходимые силы и средства тех федеральных органов исполнительной власти, которые принимают участие в борьбе с терроризмом в соответствии со ст. 6 ФЗ «О борьбе с терроризмом». Федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов РФ выделяют необходимые для проведения К.о. оружие и специальные средства, транспортные средства и средства связи, иные материально-технические средства.
Все военнослужащие, сотрудники и специалисты, привлекаемые к проведению К.о., с момента ее начала подчиняются руководителю оперативного штаба по управлению К.о. В зависимости от масштаба и степени общественной опасности, ожидаемых негативных последствий террористической акции руководителем К.о. может быть назначен представитель федеральной антитеррористической комиссии. В соответствии с решением Президента РФ руководителем оперативного штаба по управлению К.о. может быть назначен руководитель федерального органа исполнительной власти.
Руководитель оперативного штаба по управлению К.о. определяет границы зоны проведения контртеррористической операции, принимает решение об использовании привлекаемых для проведения указанной операции сил и средств. Вмешательство любого др. лица независимо от занимаемой должности в оперативное руководство К.о. не допускается.
Правовой режим в зоне проведения К.о. определяется ст. 13 ФЗ «О борьбе с терроризмом». В этой зоне лица, проводящие К.о., имеют право: а) принимать при необходимости меры по временному ограничению или запрещению движения транспортных средств и пешеходов на улицах и дорогах, по недопущению транспортных средств, в т.ч. транспортных средств дипломатических представительств и консульских учреждений, и граждан на отдельные участки местности и объекты либо по удалению граждан с отдельных участков местности и объектов, а также по отбуксировке транспортных средств; б) проверять у граждан и должностных лиц документы, удостоверяющие их личность, а при отсутствии таких документов задерживать указанных лиц для установления личности; в) задерживать и доставлять в органы внутренних дел РФ лиц, совершивших или совершающих правонарушения либо иные действия, направленные на воспрепятствование законным требованиям лиц, проводящих К.о., а также действия, связанные с несанкционированным проникновением или попыткой проникновения в зону проведения К.о.; г) беспрепятственно входить (проникать) в жилые и иные принадлежащие гражданам помещения и на принадлежащие им земельные участки, на территории и в помещения организаций независимо от форм собственности, в транспортные средства при пресечении террористической акции, при преследовании лиц, подозреваемых в совершении террористической акции, если промедление может создать реальную угрозу жизни и здоровью людей; д) производить при проходе (проезде) в зону проведения К.о. и при выходе (выезде) из указанной зоны личный досмотр граждан, досмотр находящихся при них вещей, транспортных средств и провозимых на них вещей, в т.ч. с применением технических средств; е) использовать в служебных целях средства связи, включая специальные, принадлежащие гражданам и организациям независимо от форм собственности; ж) использовать в служебных целях транспортные средства, принадлежащие организациям независимо от форм собственности, за исключением транспортных средств дипломатических, консульских и иных представительств иностранных государств и международных организаций, а в неотложных случаях и гражданам, для предотвращения террористической акции, для преследования и задержания лиц, совершивших террористическую акцию, или для доставления лиц, нуждающихся в срочной медицинской помощи, в лечебное учреждение, а также для проезда к месту происшествия. В зоне проведения К.о. деятельность работников средств массовой информации регулируется руководителем оперативного штаба по управлению К.о., если иное не предусмотрено федеральным законом.
При проведении К.о. в целях сохранения жизни и здоровья людей, материальных ценностей, а также изучения возможности пресечения террористической акции без применения силы допускается ведение переговоров с террористами. К ведению таких переговоров допускаются только лица, специально уполномоченные на то руководителем оперативного штаба по управлению К.о. При ведении переговоров с террористами в качестве условия прекращения ими террористической акции не должны рассматриваться вопросы о выдаче террористам каких бы то ни было лиц, передаче им оружия и иных средств и предметов, применение которых может создать угрозу жизни и здоровью людей, а также вопрос о выполнении политических требований террористов. Ведение переговоров с террористами не может служить основанием или условием их освобождения от ответственности за совершенные деяния.
К.о. считается оконченной, когда террористическая акция пресечена (прекращена) и ликвидирована угроза жизни и здоровью людей, находящихся в зоне проведения К.о. Решение об объявлении К.о. оконченной принимает руководитель оперативного штаба по управлению такой операцией.