Организацию деятельности В.к. осуществляет Генеральный штаб через управления соответствующих военных округов (управление флота).
В.к. совместно с органами исполнительной власти субъектов РФ и органами местного самоуправления непосредственно решают вопросы в области обороны РФ путем подготовки людских и транспортных ресурсов для призыва и направления (поставки) в Вооруженные Силы РФ, др. войска, воинские формирования и органы.
Минобороны РФ по согласованию с органами исполнительной власти субъектов РФ и местного самоуправления создает: В.к. субъектов РФ в республиках, краях, областях, Москве и Санкт-Петербурге, автономных образованиях; В.к. районов, городов (без районного деления), административных округов и равных им административных образований. В отдельных случаях могут создаваться объединенные В.к. для нескольких муниципальных образований, имеющих общую территорию.
В.к. является юридическим лицом, имеет печать с изображением Государственного герба РФ и со своим наименованием, а также расчетный счет в банке.
Основные принципы создания системы В.к. РФ, их подчиненность, задачи, подотчетность, содержание и обеспечение, а также порядок их взаимодействия с органами исполнительной власти субъектов РФ и органами местного самоуправления определены в Положении о военных комиссариатах. В.к. возглавляют военные комиссары.